Les Humanoïdes ont conquit la Terre. Certains, comme Harlock (Albator), se lancent dans la résistance. D'autres, comme le commandant Zéro, restent fidèle au gouvernement même si celui-ci est sous le joug du gouvernement intergalactique.
Devant la menace Harlock, les Humanoïdes ordonnent à la Fédération Terrienne de mettre fin aux exploits du capitaine corsaire. Zéro, à bord du vaisseau Karyu, fleuron de la flotte, est chargé de la mission. Il part avec un équipage...